現在それはできないようです。
ENV NACL_SDK_ROOT $(find /nacl_sdk -maxdepth 1 -type d -name 'pepper_*')
回避策として、以下のようにしました。
.bashrc に export を書く
RUN echo 'export NACL_SDK_ROOT="$(find /nacl_sdk -maxdepth 1 -type d -name 'pepper_*')"' >> ~/.bashrc
こちらであれば、bash を起動すると環境変数が設定されます。
.profile に export を書く
RUN echo 'export NACL_SDK_ROOT="$(find /nacl_sdk -maxdepth 1 -type d -name 'pepper_*')"' >> ~/.profile
この場合は、ログイン時に環境変数が設定されるので、
docker run hoge bash するときに -l オプションもつけます。
docker run -it hoge bash -l
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